У жовтні 1941 року фронт наблизився до Вовчанська. Під керівництвом першого секретаря райкому партії О. Д. Гончарова було сформовано чотири партизанських загони.
Коли створилася загроза Харкову, почалася евакуація на схід державних цінностей, установ, окремих підприємств, колгоспної худоби. Керував цією роботою і розвідкою за просуванням противника начальник Вовчанського відділу державної безпеки Г. С. Якушев.

6 листопада 1941 року до Вовчанська увірвались розвідувальні частини фашистів. Кілька днів вони грабували у населення продукти і одяг. Але вже 11 листопада фашистам довелось тікати з Вовчанська; їх вибили частини 21-ї армії південно-західного фронту. У звільненні міста брали участь і партизани. З цього часу по червень 1942 року Вовчанськ був прифронтовим містом. Частина району була захоплена ворогом. У суворих військових обставинах робітники і колгоспники Вовчанщини героїчно працювали, постачаючи армію і партизан. З листопада 1941 року по квітень
1942 року трудящі зібрали біля 200 000 карбованців на будівництво танкової колони та літаків-винищувачів. У місті оголошено воєнний стан. Бійці 21-ї армії вели бої з ворогом з перемінним успіхом. Червоноармійцям допомагали партизани і так звані «винищувальні загони», до яких вступила молодь і навіть підлітки - піонери Вовчанська. Вони несли охорону міста, виконували бойові завдання по розвідці в тилу ворога. В числі бійців, «винищувальних загонів» були учні шкіл Володя Чигринов, Ваня Копилов, Микола Косівець і багато інших.

Навесні 1942 року населення з радісною надією прислухалося до артилерійської канонади за Дінцем — це розпочався наступ Червоної Армії на південно-західному напрямку згідно з затвердженою Ставкою Харківською операцією. У розділі 9 т. 2 «Історії Великої Вітчизняної війни 1941 — 1945 р.» сказано:
"3 району Вовчанська планувалося розгорнути наступ другої ударної групи 28-ї армії під командуванням генерала Д. І. Рябишева та фланговими з'єднаннями 21-ї і З8-ї армій. Війська Цієї групи дістали завдання прорвати оборону противника на фронті від Нежеголя — 16 кілометрів північніше Вовчанська — до Великих Бабок — 30 кілометрів на схід від Харкова".

9 березня 1942 року наступ розвивався на с. Рубіжне і Салтів. 36 гвардійська дивізія зайняла на правому березі Дінця села Верхню Писарівку, Радянське Перше, Приліпку, Старицю, Ізбицьне, Тернову. 38 армія південно-західного фронту під командуванням генерала К С. Москаленка вела бої за Харків у районі Свлтова. Їй на допомогу було дано 21 армію та 6 танкову гвардійську бригаду полковника А. М. Хасіна.

12 травня 1942 року ударні угруповання південно-західного фронту прорвали оборону 6-ої німецької армії на північ і на південь від Харкова. За три дні напружених боїв Червона Армія просунулась на 25 кілометрів з району Вовчанська.

Але весною 1942 року після впертих боїв 28 армія південно-західного фронту змушена була відходити на схід.

З 10 червня 1942 року по 9 лютого 1943 року Вовчанськ перебував у німецько-фашистській окупації. Ці важкі вісім місяців Вовчанщина переживала господарську розруху і фашистський терор.

Відповідно до акта, складеного після звільнення міста у 1943 році, окупанти знищили і замучили у гестапо 770 жителів Вовчанська і сіл. 1700 чоловік, головним чином дівчат, відправлено у Німеччину. Але фашисти не змогли зломити волю радянських патріотів до перемоги. Під час окупації у Вовчанському районі розгорнули свою боротьбу партизани. У 1942 - 1943 роках було створено 3 партизанських загони.

Партизани були висаджені парашутним десантом у жовтні 1942 року у лісах під Дінцем по завданню Українського штабу Партизанського руху. На протязі двох місяців діяльності (жовтень—листопад 1942 року) партизани Вовчанського району при тяжких умовах здійснили багато патріотичних подвигів.
Ось деякі з них.

У ніч під 31 жовтня троє партизанів—начальник штабу Нижегородов, сапер Прасол, начальник розвідка Дяченко — під носом у німецької охорони замінували залізничну колію на З кілометрі від станції Вовчанськ до станції Нежеголь. Через 1 годину 15 хвилин стався вибух, який знищив німецький ешелон. Рух на залізниці було припинено на п'ять діб.

У дні 25-ї річниці Жовтневої революції партизани розповсюдили серед насеяения біля 200 листівок, які підвищували патріотичний дух радянських людей, закликали їх до боротьби з ворогом. Багато жителів Вовчанська і сіл активно допомагали партизанам. Вони постачали їх продуктами харчування, медикаментами, одягом, були зв'язковими і розвідниками. Це були дружини і матері червоноармійців і пйртизанів: І. А. Щєкіна, Т. А. Прасол, М. В. Грабар та.багато інших. Брали участь у боротьбі партизан колгоспники сіл Першого Радянсьного, Максимівка, Пільна, Українського, Шевченковогоо Другого. Бойові завдання також виконували молодь і школярі-підлітки.

Вовчанськ був звільнений від німецько-фашистських загарбників 9—10 лютого 1943 року.