22 червня 1941 року фашистська Німеччина віроломно розв'язала війну проти Радянського Союзу.
Трудящі Вовчанська стали до лав захисників Батьківщини. У червні-листопаді 1941 року до лав Червоної Армії влилося 3265 жителів району.
Підприємства міста перейшли на випуск продукції для потреб фронту.
З числа трудящих. які не підлягали призову, у місті було створено 4 партизанських загони, котрі разом з військовими частинами брали активну участь в обороні Вовчанська, а потім більшість з них влилися до лав діючих частин Червоної Армії. Багато жителів міста брали участь в будівництві оборонних споруд.
На початку листопада гітлерівцям па кілька днів вдадоси захопити Вовчанськ. Однак частини Червоної Армії, завдавши ворогу відчутної поразки, визволили місто й багато сіл району.
10 червня 1942 року фашистські війська знов захопили Вовчанськ. Його окупація на цей раз продовжувалася до 10 лютого 1943 року. Гітлерівці завдали місту величезної шкоди. Вони зруйнували всі промислові підприємства, залізничну станцію, школи, медичні заклади, машинно-тракторну станцію.
Спираючись на підтримку і допомогу місцевих жителів, у Вовчанському районі діяв партизанський загін під керівництвом Т. А. Шепеля, котрий до війни працював інструктором райкому партії.
Загін, загальною кількістю більше 40 чоловік, базувався у Рубіжненському та Старицькому лісах.
Трудящі Вовчанщини свято бережуть пам'ять про героїв Великої Вітчизняної війни, у місті на честь загиблих воїнів встановлено 4 пам"ятника.
Багато пам'ятників і обелісків встановлено у селах району.